19 октября 1865 года император подписал указ Правительствующему Сенату о введении уставов в округах Санкт-Петербургской и Московской судебных палат в течение 1866 года. Наряду с этим он утвердил Положение о введении в действие Судебных уставов, а также временные штаты кассационных департаментов Правительствующего сената и судебных установлений в тех же округах.
Судебная реформа коренным образом изменила судоустройство, процессуальное и, в определенной части, материальное право Российской империи. Составной частью реформы стало и преобразование прокурорского надзора.
В Учреждении судебных установлений прокуратуре посвящен третий раздел, озаглавленный «О лицах прокурорского надзора». Статья 124 устанавливала: «Прокурорский надзор вверяется обер-прокурорам, прокурорам и их товарищам под высшим наблюдением министра юстиции как генерал-прокурора». Прокуроры учреждались при всех судебных палатах и окружных суда х. Обер-прокуроры состояли при кассационных (уголовном и гражданском) департаментах Правительствующего сената и общем собрании Сената. Закон устанавливал, что «при заявлении судебным местам своих по делам заключений лица прокурорского надзора действуют единственно на основании своего убеждения и существующих законов».
Не все прогрессивные юристы были согласны с ликвидацией губернской прокуратуры. Вот что писал по этому поводу А. Ф. Кони: «Должность эта (губернского прокурора. — Авт. ), составляя наследие петровских времен и одно из лучших украшений екатерининских учреждений, имела огромное значение в нашем дореформенном строе. Упразднение связанных с нею прав и обязанностей по надзору за ходом несудебных дел следует признать большою ошибкою составителей Судебных уставов. Совершенное изменение в характере деятельности прокурора, придавая ему «обвинительную обособленность», может быть, и выходило красивым с теоретической точки зрения, но противоречило условиям нашей административной жизни и шло вразрез с внутренними потребностями нашего губернского строя. В торопливом осуществлении страстного желания поскорее расчистить для новых насаждений место, поросшее бурьяном и полусгнившими деревьями, был срублен дуб, стоявший на страже леса…»
Д. Н. Замятнин сумел подобрать на новые должности, особенно председателей судов и прокуроров, значительное число квалифицированных юристов, и что самое главное, — людей с высокими нравственными качествами, беззаветно преданных делу судебной реформы. Многие из них стали украшением российской юстиции. Обер-прокурорами кассационных департаментов Правительствующего сената одними из первых были назначены М. Е. Ковалевский (уголовного), Д. Г. Дервиз (гражданского). Первым прокурором Санкт-Петербургской судебной палаты стал Я. Я. Чемадуров, а Московской судебной палаты — Д. А. Ровинский.
…К весне 1866 года все подготовительные работы по устройству новых судов были завершены. 14 апреля император Александр II лично посетил здание Санкт-Петербургской судебной палаты. Замятнин представил ему недавно назначенных судебных деятелей. После осмотра здания, на встрече с судьями и прокурорами, император сказал: «Я надеюсь, господа, что вы оправдаете оказанное вам доверие и будете исполнять новые ваши обязанности добросовестно, по долгу чести и верноподданической присяги, что, впрочем, одно и то же. Итак, в добрый час, начинайте благое дело».
Через два дня здание Санкт-Петербургских судебных установлений было освящено. 17 апреля 1866 года в столице состоялось торжественное открытие новых судов. Впоследствии Дмитрий Николаевич не раз повторял, что это был лучший день в его жизни.
23 апреля 1866 года в торжественной обстановке были открыты и Московские судебные установления, а в ноябре и декабре того же года — все 14 окружных судов Санкт-Петербургской и Московской судебных палат. Новые суды почти сразу же завоевали доверие и уважение самой широкой общественности. Многие газеты с восторгом писали об их деятельности, рассказывали о первых гласных судебных процессах. Публика забивала залы судебных заседаний до отказа.
После открытия новых судов в Петербурге и Москве Замятнин не смог долго удерживать за собой пост министра юстиции и генерал-прокурора. Самостоятельный и независимый суд устраивал далеко не всех в правительстве Александра II. Переход от старых порядков к новым оказался слишком резким и крутым. Исподволь начались нападки не только на недавно зародившиеся судебные установления, но и на одного из активнейших проводников судебной реформы — Д. Н. Замятнина. По мнению Г. А. Джаншиева деятельность Замятнина стала «неприятной и даже ненавистной» для партий, враждебных реформам.
В самом начале 1867 года неожиданно для Замятнина у него забрали надежного помощника и единомышленника, товарища министра юстиции Н. И. Стояновского. На его место был назначен псковский губернатор граф К. И. Пален, известный своими консервативными взглядами, один из противников судебной реформы. При этом Замятнину было недвусмысленно заявлено, чтобы он готовил Палена в министры.