Когда А. Н. Куломзин (зять и будущий биограф Замятнина), узнав об этом, сказал, что не следовало ли бы ему немедленно подать рапорт об отставке, Дмитрий Николаевич возразил: «Я воспитан в старых правилах и буду служить моему государю, доколе это будет ему угодно, но, не беспокойся, к Пасхе Пален будет готов».
И действительно, в марте 1867 года Замятнин доложил императору, что граф Пален подготовлен к занятию должности министра юстиции. Однако рапорт об отставке не подавал. Своей принципиальностью он все более и более раздражал Александра II. Однажды императору не понравилась позиция по одному делу Сенатора Любошинского. Государь потребовал от Замятнина его увольнения. На это Дмитрий Николаевич спокойно сказал, что члены судов, в том числе и Сенаторы, пользуются правом несменяемости. «Но не для меня», — резко оборвал его Александр II. Указ был составлен и подан императору, однако тот вернул его неподписанным.
Властями делалось все возможное, чтобы вынудить Замятнина подать в отставку. Но он стойко противостоял этому. Тогда придумали соединить две должности: министра юстиции и главноуправляющего 2-м отделением собственной его императорского величества канцелярии. Замятнин отказался принять эти две должности и подал в отставку. 16 апреля 1867 года Александр II уволил его с должности министра юстиции и генерал-прокурора и назначил членом Государственного совета. Одновременно ему был пожалован орден Св. Александра Невского с бриллиантами.
В 1877 году Замятнина наградили орденом Св. Владимира 1-й степени, а в 1881 году назначили председателем департамента гражданских и духовных дел Государственного совета.
Дмитрий Николаевич был женат на фрейлине двора ее императорского величества Екатерине Сергеевне Неклюдовой. От брака он имел пятерых детей: сына Сергея и дочерей Варвару, Екатерину, Ольгу и Анну.
Скончался Д. Н. Замятнин 19 октября 1881 года.