И вот на высоте около 8000 м разыгралась страшная трагедия: по официальной версии, полностью отказала система кислородного питания, и экипаж погиб от удушья. Субстратостат превратился в призрак, дрейфующий по воздушному океану.
19 июля 1938 года под грифом «секретно» и за № 620с исполняющий должность военного комиссара ОИВД старший политрук Голубев направил донесение начальнику Политического управления РККА армейскому комиссару 2 ранга Мехлису:
"Об аварии стратостата 10800 куб. м и гибели экипажа при аварии. 18 июля 1938 года в 19 ч. 55 мин. при посадке в г. Сталине потерпел аварию субстратостат объемом 10800 куб. м., принадлежащий ОИВД.
При аварии погиб экипаж в составе 4-х человек:
1) Командир экипажа – военинженер 2 ранга т. Украинский Яков Григорьевич, член ВКП(б) с 1921 г., по социальному положению служащий.
2) Пилот лейтенант Кучумов Серафим Константинович, кандидат ВКП(б), по социальному положению рабочий.
3) Двое научных сотрудников Исследовательского института авиационно-военной медицины тт. Столбун и Батенко, члены ВКП(б).
Причины аварии точно не известны. По имеющимся данным, субстратостат при посадке попал на высоковольтную линию, вследствие чего вся система сгорела.
Для точного расследования причин на место катастрофы 19 июля в 12 часов вылетела специальная комиссия, созданная приказом начальника ВВС РККА командармом 2 ранга т. Локтионовым.
Подготовка к полету (материальная часть, приборы, экипаж и все документы) проверялась специальной комиссией ВВС РККА под председательством военинженера 1 ранга т. Лагутина (сотрудник Военно-инженерной академии) и признала удовлетворительной с заключением о возможности к полету.
Старт был дан 18 июля в 4 ч. 47 мин. утра в присутствии начальника ВВС РККА командарма 2 ранга т. Локтионова и прошел успешно и организованно.
Задание на полет было детально разработано, в котором положено продержаться субстратостату в воздухе в течение 5-6 часов, на высоте 10 000 м – в течение 1 часа, тогда как по данным известно, что стратостат пробыл в воздухе с 04.47 по 19.55, то есть 15 часов с лишним, причина этого положения также пока что неизвестна.
Самочувствие экипажа перед стартом было хорошее…"
Тайна гибели экипажа остается невыясненной до сих пор. Свидетели утверждают, что отказ кислородного оборудования – надуманная причина. Проверка показала, что это оборудование продолжало работать и после катастрофического падения субстратостата на Землю. Значит, от удушья экипаж погибнуть не мог. Версия о том, что причиной смерти стала неисправность медицинской аппаратуры также не выдерживает критики, – ведь существовало правило: кто-то экспериментировал на себе, а кто-то всегда наблюдал за экспериментом. Скорее всего, к гибели экипажа привела какая-нибудь экспериментальная электрическая система коллективного обогрева. Но правды, повторюсь, мы уже никогда не узнаем…
Еще один стратосферный полет едва не закончился катастрофой 12 октября 1939 года.
В этот день в небо поднялся стратостат-парашют «ВР-60» («Комсомол»). В герметичной гондоле находились трое: Крикун, Фомин, Волков.
В 9 часов 10 минут на высоте 15800 м стратонавты приступили к проведению оптических наблюдений и съемок спектрографом, через некоторое время командир попробовал сбросить часть балласта, но не сработал сбрасыватель. Только через полчаса Крикун починил это устройство и «Комсомол» освободился сразу от двух мешков, и к 11 часам стратостат достиг высоты в 16810 м.
Прошел час, и стратостат начал медленный спуск. Когда он был на высоте 10000 м, Крикун закончил опыты с космическими лучами, сделав 47 записей. На 9000 м оболочка стала расправляться, превращаясь в гигантский парашют, и тут Волков, взглянув на нее, воскликнул: «Пожар!» Командир бросился к устройству для отделения гондолы от оболочки, но скорость – теперь уже падения – не уменьшилась. Тогда Крикун вручную открыл парашют для спуска гондолы. 
Субстратостат над полями Долгопрудненского района
На высоте 6200 м по приказу командира гондолу оставил Волков, вслед за ним из нее выбрался Крикун. Оставшись в гондоле, Фомин хладнокровно сбросил оставшийся балласт и на высоте 1500 м пошел затяжным. При этом он хорошо видел друзей, спускавшихся на парашютах.
Командир приземлился первым и подбежал к гондоле, около которой уже собрались рабочие с торфоразработок, глядевшие как из открытого люка с сильным шипением шел кислород, потом появился дым и огонь. Огонь забросали мокрым снегом…
Подводя итоги научной программы, академик Вавилов заявил: «По полученным протоколам наблюдений, которые велись во время полета, с очевидностью явствует, что наблюдения велись с очень большой тщательностью(…) Обработка результатов по космическим лучам дала чрезвычайно ценные результаты.»