На совещании прокурорам было указано на то, что они «недооценили ту политическую обстановку, в которой им приходится в настоящее время работать, не поняли всей сложности политической ситуации нынешнего периода, когда мир охвачен второй империалистической войной». Резко критиковалось на совещании и общее состояние следствия, основным недостатком которого считался тогда либерализм, выражавшийся в том, что не избирались действенные меры пресечения (то есть, аресты), необоснованно прекращались уголовные дела, допускалась неправильная («либеральная») квалификация преступлений, «выпячивались» все смягчающие обстоятельства, игнорировалось политическое значение дел.
В условиях Великой Отечественной войны вся работа органов прокуратуры, юстиции и суда была подчинена интересам обороны. Судебно-прокурорским работникам вменялось в обязанность осуществление надзора за обеспечением неуклонного и точного соблюдения всеми гражданами и должностными лицами указов и постановлений военного времени. В приказах по Прокуратуре СССР и Наркомюсту СССР того периода красной нитью проходит мысль о том, что всякий, кто нарушает закон, должен подвергаться наказанию. Приказы ориентировали на воспитание у прокуроров и следователей чувства ответственности перед Родиной, сплоченности, железной дисциплины, четкости и организованности в работе. Прокурорские проверки и расследования уголовных дел предлагалось осуществлять в кратчайшие сроки и без малейшего бюрократизма и волокиты.
Война внесла коррективы и в структуру органов прокуратуры. Железнодорожный и водный транспорт были сразу же переведены на военное положение, в связи с этим транспортные прокуроры преобразовались в военные. Были военизированы и некоторые прокуратуры прифронтовой полосы, а там, где требовали обстоятельства, военные прокуратуры брали на себя даже функции территориальных прокуратур. В январе 1942 года была образована Главная военная прокуратура железнодорожного транспорта.
5 июля 1941 года Виктор Михайлович Бочков решением Ставки был назначен членом Военного Совета Северо-Западного фронта. Он непосредственно возглавил особый отдел фронта. С этого времени и до начала января 1942 года обязанности Прокурора Союза ССР исполнял Г. Н. Сафонов.
С первых же дней Великой Отечественной войны подавляющее большинство прокурорско-следственных работников стали трудиться с еще большей самоотдачей. Работали, не считаясь со временем, в тяжелейших условиях отступления, при налетах и бомбежках, а когда было нужно — брали в руки оружие и вставали в ряды защитников Родины. Прокурор Союза ССР В. М. Бочков своими приказами поощрил немало работников органов прокуратуры, самоотверженно выполнявших свой долг. Например, в приказе от 17 марта 1942 года Бочков отметил активную работу следственного аппарата прокуратуры Московской области. Он объявил благодарность и премировал месячным окладом следователей прокуратур П. М. Дубинкина (г. Орехово-Зуево), Н. А. Степанова (Кунцевский район), М. А. Августиновича (г. Коломна), З. М. Бармину (Загорский район), которые в тяжелейших условиях ежемесячно заканчивали по 20–25 уголовных дел, укладываясь при этом в сроки до 48 часов. Причем все они, проявляя инициативу и настойчивость, сумели раскрыть немало тяжких преступлений. В этом приказе было отмечено и умелое руководство следствием со стороны прокуроров Шур (г. Коломна), Матвеева (г. Орехово-Зуево), начальника следственного отдела прокуратуры Московской области А. П. Былинкиной. В другом приказе (от 29 июня 1942 года) В. М. Бочков за «хорошую работу по укреплению социалистической законности в районах Тульской области, освобожденных от немецких оккупантов» объявил благодарность прокурорам Ф. Ф. Смирнову и Г. В. Ромачеву, следователям А. М. Микулину, Н. С. Садовникову, Д. П. Мешкову, Т. Я. Маслиной и А. Г. Буторину. Прокурору Тульской области И. М. Садовникову было предложено выдать отмеченным работникам единовременное пособие в размере месячного оклада.