Говоря, например, о методах ведения следствия, Панкратьев, со ссылкой на Сталина, заявил, что вполне допустимо применение физического воздействия в отношении обвиняемых в контрреволюционных преступлениях. Далее, опять же ссылаясь на вождя, он объяснил причину фактического запрещения досрочного освобождения осужденных. Сталин будто бы сказал, что закон о досрочном освобождении плохой, так как приговор должен быть устойчивым и выполняться полностью.
М. И. Панкратьев был вызван в Москву, в ЦК ВКП(б). Там он признал «допущенные им грубые ошибки и недостойное поведение». Постановлением Секретариата ЦК ВКП(б) от 13 марта 1950 года (подписано Г. М. Маленковым) Панкратьев был освобожден от занимаемой должности. По партийной линии ему был объявлен строгий выговор с предупреждением.
В октябре 1950 года Михаила Ивановича Панкратьева отправили в отставку. После этого, несмотря на довольно молодой возраст (ему было тогда 49 лет), он никакой номенклатурной должности не занимал и находился на пенсии. С декабря 1954 года он состоял на учете в партийной организации Октябрьского районного комитета ДОСААФ и там же был вначале руководителем семинара в системе партпросвещения, а затем инструктором внештатного отдела пропаганды военных знаний.
В 1955 году Панкратьев развелся с Ольгой Сергеевной и женился на А. И. Моисеевой, работавшей в то время врачом в поликлинике Министерства обороны СССР. Однако потом вновь вернулся к своей первой жене.
За свою 30-летнюю службу Михаил Иванович Панкратьев был награжден двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени и многими медалями.
Скончался М. И. Панкратьев 23 сентября 1974 года. Урна с прахом захоронена в колумбарии Донского кладбища в Москве.