В 1919 году по решению ЦК РКП(б) Д. И. Курского без освобождения от своих основных обязанностей, назначают комиссаром главного и полевого штабов и одновременно он становится членом Реввоенсовета республики. Частые поездки на фронт отрывали его от руководства Наркоматом юстиции. Дальнейшую реорганизацию суда пришлось на некоторое время отложить. Во время гражданской войны задачи, решаемые органами юстиции, заметно сузились. На первый план карательной политики государства, в связи с необходимостью защиты завоеваний революции, выдвинулись теперь органы ВЧК и ревтрибуналы, которые, как известно, не особенно считались с буквой закона. В одной из своих статей Д. И. Курский писал: «Там, где гремят пушки, молчит право».
В конце 1920 года Д. И. Курский был демобилизован и мог теперь с прежней энергией заниматься вопросами Наркомата юстиции, перед которым вставали совершенно новые задачи. XI Всероссийская конференция РКП (б) признала необходимым «внедрение во всех областях жизни строгих начал революционной законности». Наркомюст приступил к разработке целой системы норм как материального, так и процессуального права. Остро встал вопрос и о создании органа, способного обеспечить надзор за соблюдением законов, поскольку отделы юстиции с этой задачей явно не справлялись. По мысли В. И. Ленина, таким органом могла стать прокуратура. По его поручению Дмитрий Иванович приступил к подготовке проекта декрета о создании советской прокуратуры. В конце февраля 1922 года работа над проектом была завершена, и он поступил на рассмотрение 3-й сессии ВЦИК РСФСР 9-го созыва, которая открылась 12 мая 1922 года. Доклад по проекту декрета о прокуратуре сделал Н. В. Крыленко.
Председатель Совнаркома В. И. Ленин, из-за болезни не участвовавший в работе сессии ВЦИК, но пристально следивший за ходом обсуждения всех вопросов, был принципиально не согласен с тем, что проект декрета о прокуратуре предполагал ее двойное подчинение. Он продиктовал из Горок, где тогда находился, по телефону письмо, адресованное Генеральному секретарю ЦК И. В. Сталину «для Политбюро» «О «двойном» подчинении и законности». В нем содержались не только основные, принципиальные положения о социалистической законности, но и теоретическое обоснование необходимости единой законности для всего Советского государства. Это письмо решило исход спора в пользу сторонников централизованного подчинения органов прокуратуры. Политбюро ЦК полностью согласилось с предложениями В. И. Ленина. 26 мая 1922 года сессия ВЦИК приняла Положение о прокурорском надзоре, в котором идеи, высказанные ранее Н. В. Крыленко и поддержанные В. И. Лениным были полностью сохранены. 28 мая постановление сессии было подписано Председателем ВЦИК М. И. Калининым. В этот день была создана Государственная прокуратура РСФСР.
Первым прокурором республики стал нарком юстиции РСФСР Дмитрий Иванович Курский. Ему пришлось сразу же браться за решение многочисленных проблем, связанных с организацией нового института законности.
Среди них на одно из первых мест выдвигались кадровые вопросы — следовало подобрать толковых, инициативных людей на должности губернских прокуроров, помочь им укомплектовать штаты прокуратуры не только помощниками, но и техническим персоналом. Не менее важная проблема — определение структуры отдела прокуратуры Наркомата юстиции и губернских прокуратур, ориентирование подчиненных на выполнение самых важных и неотложных задач, обеспечение их достаточной нормативной базой. Положение о прокурорском надзоре намечало лишь самый основной круг обязанностей прокуроров, которые необходимо было конкретизировать.
Большой удачей для Д. И. Курского следует считать назначение заместителем наркома и старшим помощником прокурора энергичного и работоспособного Николая Васильевича Крыленко, который сразу же взвалил на свои плечи огромное количество дел по организации прокуратуры.
Коллегия Наркомюста посвятила несколько своих заседаний вопросу проведения в жизнь Положения о прокурорском надзоре. 22 и 26 июня 1922 года были рассмотрены и утверждены штаты организованного отдела Государственной прокуратуры Наркомата юстиции (6-й отдел), а 29 июня — штаты губернских прокуратур. Отдел включал в себя подотделы общего надзора, надзора за органами следствия и дознания, государственного обвинения и секретариат.