Выполняя это указание, П. Н. Малянтович разослал органам власти и прокурорам на местах телеграмму следующего содержания: «Постановлением Петроградской следственной власти Ульянов-Ленин В. И. подлежит аресту в качестве обвиняемого по делу о вооруженном выступлении третьего, пятого июля в Петрограде, ввиду сего поручаю Вам распорядиться о немедленном исполнении этого постановления, в случае появления названного лица в пределах вверенного Вам округа. О последующем донести. Министр юстиции П. Н. Малянтович».
Как известно, В. И. Ленин был надежно укрыт на конспиративной квартире в Петрограде, и накануне переворота загримированный и переодетый, свободно прошел в штаб вооруженного восстания — Смольный институт.
25 октября министр юстиции и генерал-прокурор П. Н. Малянтович вместе с другими членами правительства находился в Зимнем дворце, где и был арестован.
27 октября 1917 года, на основании предписания исполнительного комитета Петроградского Совета рабочих и солдатских депутатов, комиссар Петропавловской крепости подпоручик Тарасов-Роддонов отдал приказ начальнику Трубецкого бастиона об освобождении из-под стражи нескольких министров-социалистов, в том числе и П. Н. Малянтовича. Имеются сведения, что это было сделано по указанию (или во всяком случае, с ведома) В. И. Ленина.
Встретившийся с П. Н. Малянтовичем вскоре после его выхода из крепости А. А. Демьянов заметил в нем разительную перемену. Он писал, что Малянтович тогда «производил впечатление развалины, но не с точки зрения физической, а в моральном отношении. Казалось, Малянтович уже ни во что не верил, на все глядел с мрачностью и недоверием. Хуже всего было то, что свое пессимистическое настроение он применял там, где говорилось о необходимости действовать. Он как бы гасил тот огонь, который горел еще в умах и сердцах желавших бороться. Этим он в тот момент принес много вреда».
Вскоре после освобождения из Петропавловской крепости Павел Николаевич вышел из партии меньшевиков и вернулся в Москву, где почти 25 лет назад начинал свою блестящую адвокатскую деятельность. И теперь, когда ему уже почти 50 лет, приходилось все начинать сначала. Было отчего прийти в отчаяние. В Москве он встретился со своими бывшими товарищами, в частности адвокатом Н. К. Муравьевым. Вместе обсуждали, как жить дальше, поругивали большевиков. К этому времени у Малянтовича было четверо детей, правда, старший сын, Николай, уже определился с выбором своего пути и решил эмигрировать. Владимир и Георгий оставались с отцом. Самой младшей в семье была дочь, Галли, ей едва исполнилось 9 лет.
В начале августа 1918 года П. Н. Малянтович выехал в Пятигорск, где проходила курс лечения его жена, Анжелика Павловна. Здесь его застал переворот, произведенный Добровольческой армией. В октябре того же года он перебрался с семьей в Екатеринодар (Краснодар), где проживал до сентября 1921 года. При белогвардейцах Малянтович занимался исключительно юридической (консультационной) практикой — был товарищем юрисконсульта общегородской больничной кассы. После освобождения Екатеринодара (март 1920 года) он поступил на службу в Кубанско-Черноморский областной отдел народного образования, и выполнял обязанности секретаря комиссии по разбору дел несовершеннолетних.
21 сентября 1921 года нарком просвещения А. В. Луначарский и нарком юстиции Д. И. Курский, хорошо знавшие Малянтовича, вызвали его на работу в Москву. В 1921–1922 годах П. Н. Малянтович работал юристом в главлескоме Высшего совета народного хозяйства и в юридическом отделе Президиума ВСНХ. С октября 1923 по февраль 1924 года он был главным юрисконсультом акционерного общества «Транспорт». В этот период были предприняты попытки привлечь его к ответственности за телеграмму об аресте В. И. Ленина. Малентовича даже задерживали, но вскоре освободили. Он принимал самое деятельное участие в организации советской адвокатуры, а затем сам многие годы занимался адвокатской практикой. Причем он всегда пользовался полным доверием. Об этом свидетельствует тот факт, что он имел допуск к так называемым «спецделам».
Новая волна гонений на старую, дореволюционную интеллигенцию началась летом 1930 года. Посыпались доносы и на «старорежимных» адвокатов. Президиум Московской коллегии защитников рассматривал заявления в отношении целой группы адвокатов, в том числе и на П. Н. Малянтовича. 13 декабря 1930 года он все же был арестован органами ОГПУ, а 10 мая 1931 года, после почти пятимесячного заключения, постановлением ОГПУ приговорен к 10 годам лишения свободы. Ему вменялась в вину принадлежность к центральному бюро меньшевистской организации (было установлено, что он два раза встречался с Н. Н. Сухановым). В связи с арестом он был исключен из коллегии адвокатов. Только благодаря стараниям друзей, которые сразу же бросились ходатайствовать за опального адвоката, подключив к этому делу А. И. Рыкова, А. М. Лежаву, Н. И. Муралова, П. Г. Смидович, А. А. Сольца и других деятелей большевистской партии, высоко ценивших П. Н. Малянтовича, 28 мая 1931 года он был освобожден из тюрьмы. Правда, ему вначале было запрещено проживать в Москве, Ленинграде, в Северно-Кавказском крае, на Украине и во многих других местах страны в течение трех лет. И лишь 4 октября 1931 года дело было окончательно прекращено. 14 октября Малянтович обратился с заявлением в Президиум Московской городской коллегии защитников о восстановлении в ее членах. Постановлением от 18 ноября 1931 года Павел Николаевич Малянтович вновь был допущен к адвокатской деятельности.