Кроме того, поражение в бухте Кочинос стало болезненным ударом по личному престижу Кеннеди. Во время "саммита" в Вене в июне 1961 года он вынужден был публично признать, что интервенция против Кубы была "ошибкой". Многими этот шаг был воспринят как унизительный. Один американский обозреватель по этому поводу заметил: "Это сильно нарушило баланс первых двух лет правления, отныне приходилось прибегать к жесткой линии; надо было показать местным критикам, что силы воли ему не занимать, а русским – что, несмотря на неразумность этой авантюры, у него твердая рука. Правительство, действовавшее поначалу легко и непринужденно, демонстрировавшее уверенность в своих силах, проявлявшее в одних случаях напористость и боевитость, а в других стремление уменьшить напряженность в мире, затем было вынуждено прибегнуть к жестким мерам в силу причин как внутреннего, так и внешнего порядка; лишь 18 месяцев спустя, когда оно уже увязло во Вьетнаме, первоначальный баланс начал восстанавливаться… Вторжение на Кубу заставило Кеннеди осознать свою уязвимость и необходимость доказать, что он отнюдь не молодой и слабый президент" .
Наученный горьким уроком Кеннеди пришел к выводу, что любую военную акцию против Кубы следует проводить вооруженными силами своей страны. Это послужило толчком для дальнейшей разработки крупной подрывной акции, которую, как стало известно позже, предполагалось завершить в октябре 1962 года.
1 марта 1993 года газета "Бостон глоб" опубликовала ранее секретный доклад, подготовленный американским адмиралом Робертом Деннисоном в 1963 году и полностью посвященный событиям кубинского кризиса. В документе, в частности, отмечалось, что разработка планов авианалета, вторжения или сочетания того и другого была закончена, и войскам был отдан приказ о готовности к бою номер один между 8 и 12 октября 1962 года. Забегая вперед, отметим, что аэрофотосъемки советских ракет, размещенных на Кубе, ставшие точкой преткновения Карибского кризиса, были сделаны как минимум на два дня позже -14 октября. 15 октября они были отпечатаны и проанализированы и лишь 16 октября легли на стол президента Кеннеди . Таким образом, доклад адмирала Деннисона недвусмысленно свидетельствует о том, что США планировали военное вторжение на Кубу гораздо ранее советской инициативы размещения там ракет.
Разработка плана новой операции вторжения на Кубу, получившей название "Мангуста", была завершена в ноябре 1961 года. К этому же времени была сформирована и так называемая Специальная расширенная группа, на которую возлагалась ответственность за ее проведение. В эту представительную группу входили: специальный советник президента по национальной безопасности генерал Максвелл Тейлор, специальный помощник президента по национальной безопасности Макджордж Банди, директор ЦРУ Джон Маккоун, председатель комитета начальников штабов генерал Лаймен Лемницер, заместитель министра обороны Росуэлл Гилпатрик и Роберт Кеннеди. По необходимости к работе группы привлекались госсекретарь Дин Раск, министр обороны Роберт Макнамара, а также главы других министерств. Во главе операции был поставлен бригадный генерал Эдвард Д. Лендсдейл. В дополнение была сформирована оперативная бригада – "целевая группа W", которую возглавил Уильям К. Харвей, офицер с большим опытом подпольных операций .
Проект Лендсдейла ("Проект Куба") включал в себя 32 задачи ведения негласной войны и предусматривал проведение акций по свержению кубинского правительства в четыре этапа – с марта по октябрь 1962 года .
Каждый этап предполагал различные взаимосвязанные действия: внедрение агентов, создание партизанских баз (вдобавок к уже созданным ранее ЦРУ), забастовки, применение биологического и химического оружия для уничтожения посадок сахарного тростника, подделку денег и продовольственных карточек, налеты на нефтеперерабатывающие заводы, минирование промышленных и торговых предприятий, психологическую войну и т.д. Спектр мер и средств был чрезвычайно широк.