В соответствии с решением министра обороны СССР маршала А.А. Гречко оперативная группа "Юг" прекратила выполнение возлагаемых на нее задач. Генерал-лейтенант Б.П. Иванов убыл в Братиславу. Начальником гарнизона Брно был назначен командир 103-й гв. вдд полковник А. Яценко. В этот же день по местному телевидению состоялось выступление первого секретаря обкома Черни. Перед его выступлением ведущий программы заявил: "Зрители должны понимать, что мы не можем говорить так, как говорили раньше. Этому мешает пребывание советских войск в городе. Но редакция будет делать все, чтобы говорить правду, она не станет проституткой. Если нельзя будет сказать во весь голос, то мы будем говорить шепотом, но и сами зрители должны научиться читать между строк". Реакцией на выступление Черни стало прекращение на следующий день (с 20 часов) телепередач в Брно и взятие телецентра под охрану частями 103-й гв. вдд.
31 августа
7-я и 103-я гв. вдд. продолжали выполнять поставленные задачи. В аэропорту Рузине обнаружен тайный склад взрывчатых веществ: 35 ящиков тротила, 1 ящик с магнитными минами, огнепроводные шнуры и детонаторы.
1-2 сентября
В Праге началось интенсивное очищение заборов, стен, тротуаров от "контрреволюционных" лозунгов, надписей, листовок. Резко изменили свое поведение и отношение к советским войскам офицеры Генерального штаба. Министерства обороны, военно-политической академии ЧНА. Они стали отдавать воинскую честь и предлагали мелкие услуги.
3 сентября
Жизнь в Праге нормализуется, все надписи смыты. Телецентр, АПН переданы для охраны чехословацкой милиции. В Брно десантники также передали все объекты милиции; части дивизии, за исключением парашютно-десантных батальонов, были выведены на окраину города и занимались боевой подготовкой. В городе беспорядков не отмечалось.
4 сентября
Снята охрана с военно-политической академии ЧНА. В Праге осталось 3 батальона десантников от 7-й дивизии. Остальные части дивизии занимались боевой подготовкой в районе аэродрома Рузине. Жизнь в Праге входила в нормальное русло, отношение населения к Советской армии становилось более лояльным. Части 103-й дивизии занимались боевой подготовкой за пределами города, обстановка в Брно была спокойной. Начались дружеские контакты между офицерами советской 103-й гв. вдд и 22-й воздушно-десантной бригадой ЧНА.
7 сентября
Снята охрана с Генерального штаба. Самолетами ВТА в Чехословакию для замещения вакантных должностей прибыли выпускники военных училищ: в 7-ю гв. вдд – 32 офицера, в 103-ю гв. вдд – 40 офицеров.
8 сентября
В 18 часов в Праге состоялось возложение венков к памятнику советским воинам, погибшим в годы Великой Отечественной войны при освобождении Праги от немецких войск. На церемонии возложения присутствовали представители советских войск, Болгарской народной армии, партийных и государственных органов ЧССР.
12 сентября
Снята охрана со здания Советского посольства. К исходу дня все подразделения 7-й и 103-й гв. вдд были выведены из Праги и Брно на расстояние до 5 км, где решали задачи боевой подготовки до возвращения на родину .
В течение многих лет утверждалось, что при выполнении операции "Дунай" активных боевых действий не велось
Тем не менее свидетельства участников операции говорят о довольно частых боестолкновениях с радикально настроенными местными жителями. Приведем несколько примеров.
Так, по словам Б. Селиванова, их часть, следовавшая через Банска-Бистрице, была обстреляна из пулемета, установленного на высокой башенке. Ответным выстрелом из пушки БМП огневая точка была подавлена. Он же упоминает и о столкновении с "огромной толпой с оружием за плечами" около завода в городе Раковнике. В ответ на обстрел советские военнослужащие вынуждены были также применить оружие .
Известно о гибели стрелка 274-го полка 24-й мотострелковой дивизии, рядового Г.А. Гусейнова, застреленного 21 августа во время патрулирования одного из населенных пунктов. По данным генерал-лейтенанта A.M. Майорова, приведенным на совещании 23 августа, семь БМП были подожжены в результате попадания бутылок с зажигательной смесью (некоторые сгорели вместе с экипажами), а также уничтожено и повреждено более 300 автомобилей .
Всего же с 21 августа по 20 октября при выполнении боевой задачи погибло 11 военнослужащих, в том числе один офицер; ранено и травмировано 87 человек, в том числе 19 офицеров. Кроме того, погибло в катастрофах, авариях, при неосторожном обращении с оружием и боевой техникой, в результате других происшествий и умерло от болезней 85 человек .
Чехословацкая сторона потеряла 94 человека, 345 граждан было ранено .
За время выполнения поставленных задач только двумя дивизиями ВДВ было изъято 6 станковых пулеметов, 95 ручных пулеметов, 436 автоматов, 372 пистолетов-пулеметов, 150 винтовок, 23 гранатомета, 84 050 патронов, 5 радиостанций, 1 радиопередатчик, закрыто (выведено из строя) 9 стационарных радиостанций .